诗题“卖残牡丹”不能理解为“出卖残败的牡丹”，正确解读应为“卖剩下的牡丹”或“未卖出的牡丹”。此类句法在唐宋诗十分常见，例如乔知之的“床积读残书”，这里“读残书”不是指“阅读残破的书”，而是“读了一半是书”或“未读完的书”。再如许棐的诗联“仆温携剩酒，邻送卖残蔬”，邻居并非送来“残败的蔬菜”，而是“卖剩下的蔬菜”或“未卖出的蔬菜”。
此诗还是一首出色的咏物诗。此诗表面是咏牡丹花，实则是以牡丹自况，以物喻人，寄托着女诗人的身世之感，表现了诗人因清高不被赏识、因才高不被接纳的处境，道出了诗人衰微不幸的遭际和孤傲清洁的品格。全诗风格清婉，寄托深远。
此诗首句的“临风兴叹落花频”，“落花”并非指牡丹，而是晚春时纷纷飘落的普通花卉，用来点明季节。事实上，牡丹通常在其它花卉飘落的暮春时节开放。如李山甫《牡丹》一诗所云：“邀勒东风不早开，众芳飘后上楼台。”因此，首句的落花在诗中为第二、三联中盛开的牡丹起了反衬的作用。
牡丹在中国一直被誉为花之皇后。在唐代，尤其是在九至十世纪间，长安和洛阳人格外喜爱牡丹。暮春时节，牡丹到处开放和售卖，诗人们则外出欣赏和撰写赞美牡丹的诗。在鱼玄机的诗中，那些未卖出的牡丹是最出色的：她们的价格是最高的，故无人买得起。虽然她们未被卖出，这些骄傲的花仍然对自己的价值充满自信，相信将来会被移植入皇家花园。她们最终将自己从失败者转为胜利者：缺乏眼光的王孙贵族将后悔未在还可得到她们时购买。
花是女性的古老象征。这些高尚的、美丽的牡丹可以看成是诗人自己的象征，花的购买者象征那些不诚实的情人，而在唐诗中皇家宫苑总是与天上宫苑成为同义词。与这些美丽的牡丹相似，鱼玄机也是未被赏识和“出售”，也与这些骄傲的牡丹相似，她相信自己的价值：她是无价之宝，只配居住于最崇高的地方——帝王的宫苑或天上的仙境（即道教的神仙世界）。这种自尊自重的、性别化的主体意识在中国古女史上是十分突出的。明代批评家钟惺虽然仍然批评鱼玄机的自尊意识及对轻浮男子蔑视为不符合“正意”，但是他明显地表示了对她的遭遇的同情，及对她的感情和尊严的理解和赞赏。
整首诗都笼罩着一层浓重的悲剧色彩，一个简单的“潜”字带有悄悄地，不知不觉的意思，把那些悲伤、痛苦的情绪都掩埋其中。
鱼玄机以牡丹自喻，无人问津是因为标价太高；而那些蜂蝶难以亲近，却是因为香气过于浓郁。一方面倾诉的悲惨遭遇，另一方面自视很高，难觅知音人，有卓尔不群之志。
诗中“红英”“翠叶”等词道出了女诗人非比寻常的身世，表现其纯洁清丽、一尘不染的孤傲品格。此诗深刻地表现了诗人对自己婚姻生活的悲慨，她将这无限的忿恨都寄托在了这牡丹倾泻出来。这样的诗句不禁让读者产生恻隐之心，为诗人的悲惨遭遇而伤心难过，同时也被诗人的不凡气度与品格所折服。
这首诗又是鱼玄机写得最多和最得心应手的七言律诗，中二联对牡丹形象的描绘对偶工致而含蕴丰富。传统诗论对此题材诗歌的要求是既生动描绘所咏之物的外在形相和内在精神，又将诗人或其他人的个性或情感投射于所咏之物。此诗完美地达成此两个目标。诗中不仅描绘了牡丹不同寻常的美丽外貌、香味和颜色，而且传达了她们的高尚品性、精神和价值。更为重要的是，诗中字字皆可读为既指牡丹，又指诗人，花即人，人即花，人花合一，不可分离。